内异症引起不孕的机制如下：
1.引起盆腔结构改变和输卵管结构及功能异常，干扰配子或胚胎运输。
2.卵巢巧克力囊肿可损害卵巢内血管分布，降低卵巢对促性腺激素的反应，降低卵巢的储备功能。
3.通过其它广泛的未知的分泌通路来干扰卵巢反应、卵子质量、受精、胚胎质量和着床等，如内异症患者腹腔液中巨噬细胞、前列腺素、肿瘤坏死因子改变等导致卵子质量下降，导致内膜容受性下降而干扰着床等。
子宫内膜异位症会在以下几个方面影响生殖：
引起卵泡生长缺陷;
卵细胞质量差;
卵泡发生黄素化不破裂;
输卵管周边受到侵蚀，功能受损;
卵细胞受精能力下降;
胚胎卵裂减慢;
胚胎着床能力下降
内异症导致不孕，可以手术治疗吗？
手术切除盆腹腔表面的内异症病灶，可能会改善盆腔的环境，但会导致卵巢储备不可逆的降低。
事实上，在手术剥离子宫内膜异位囊肿的同时也破坏了健康的卵巢组织，这就提醒在手术时应该充分评价卵巢储备情况及手术对卵巢可能的损害，再选择合适的治疗方法。
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